水族館で働く八嶋渉は、ある日、不思議な少女と出会う。

その日から、渉と少女の奇妙な共同生活が始まった。

 

一方、渉の恋人・佐都子は、水族館の職員として「けっして明かせない秘密」を抱え、悩んでいた。

 

渉の暮らすアパート「日吉荘」の住民に溶け込み、楽しく毎日を過ごす少女。

だが、少女を見つめるもうひとつの「目」が、その平穏を破る―――。

 

最後の方舟。眠り続ける鯨の胎児。40億年の進化の果てに辿りつく世界。